bonjour,
Je suis presque dans le même cas que toi. J'ai l'agreg depuis un an et je commence une thèse cette année. On a le droit à 3 ans de report de stage pour l'agrégation et après on doit faire son année de stage. Mais on peut valider ce stage pendant la thèse si on fait 2 ans de monitorat. C'est ce que je vais essayé de faire.
Dans ton cas, il me semble que tu n'as le droit qu'à un an de report. Donc tu ne pourras pas faire les deux, le capes et la thèse (je pense), par contre si tu valides l'agrég cette année tu n'auras pas de problèmes.
Pour le capes, avant la réforme tu aurais pu le repasser a la fin de ta thèse, normalement ça ne t'aurais pas posé de problèmes de le ré-obtenir, mais maintenant je ne sais pas si c'est possible.
Bref comme c'est assez nouveau tout ça, j'ai pas de réponses moins flou et si quelqu'un en a je suis aussi très intéressé.
PS attention avec la reforme sur l'autonomie des facs il n'y a presque plus de postes d'ATER dans les petites université.