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Logiciel R biostatistiques

Posté par
pauline6
14-12-14 à 19:35

Bonsoir,

J'ai un projet en biomécanique des racines et je dois créer un programme sur le logiciel R qui me permettra de voir si les 4 variables "load", "strain", "stress" et "modulus" peuvent être expliquer par 6 facteurs, indépendemment ou en interactions... et pour cela je dois faire des tests.

Dans notre cours, nous avons les notions de modèle linéaire et modèle linéaire généralisé.
Dans mon script, j'ai "logué" mes données mais pour toutes les régressions linéaires que j'ai faite, je ne trouve aucune relation linéaire significative et cela pour toutes les combinaisons entre les 6 facteurs explicatifs. Je suis un peu perdu et je n'ai pas trop d'idée sur ce que je peux faire d'autre. j'ai aussi fait ca pour le modèle linéaire généralisé. Connaissez-vous des modèles qui seraient typiques des études en bioméca ?

merci
pauline

Posté par
LeDino
re : Logiciel R biostatistiques 15-12-14 à 14:47

C'est un exercice ou c'est dans la vraie vie ?
Parce qu'on ne sait pas si tu as mal travaillé, ou si tu as simplement des données qui ne permettent pas de conclure à une relation linéaire.

Posté par
LeDino
re : Logiciel R biostatistiques 15-12-14 à 14:53

Les variables à expliquer sont elles bien quantitatives ?
Les facteurs explicatifs sont ils quantitatifs ou qualitatifs ?
As-tu commencé simplement par représenter graphiquement chaque variable à expliquer, croisée avec chaque caractère explicatif avec la représentation qui convient (tableau, bar chart, histogramme, plot) ?

Et qu'est-ce qui te fait penser que tu dois "forcément" trouver un lien ?

PS :
Un cours, ou pire encore une étude statistique "par correspondance"... ce n'est pas viable.
S'il s'agit d'un sujet réel, ce sera compliqué de t'aider...

Posté par
pauline6
re : Logiciel R biostatistiques 17-12-14 à 01:25

Ce sont des données qui viennent d'une vraie étude scientifique à laquelle je n'ai pas accès, donc peut être que les manip étaient mauvaises mais j'ai aussi supprimer certaines valeurs extrêmes. On peut dire que c'est dans la vraie vie du coup.

Les variables à expliquer sont quantitatives
Les facteurs explicatifs : certains sont qualitatifs (species par exemple), certains sont quantitatifs (Diametre) et d'autres sont quantitatifs avec des regroupements en classe (pas de 10) comme "Depth" par exemple.

C'est en effet ce que j'ai fait au tout début, des graphs pour voir justement si ca pouvait m'orienter...

Pourquoi devrais je trouver des liens? parce que mon prof a un peu vendu la meche pour rigoler.
J'écris sur ce forum parce que j'ai vraiment tout chercher, dans mes cours, dans la biblio, les cours sur internet les exemples d'etude statistique, maintenant je n'ai plus trop d'idées et je sais que je pense à coté d'un truc. Mais je suis consciente que la meilleure façon d'obtenir de l'aide pour ce genre de projet ne se trouve pas sur un forum. Merci quand même, je vais essayer d'avancer.

Posté par
LeDino
re : Logiciel R biostatistiques 17-12-14 à 02:30

Si tu travailles avec R, tu commences par te faire une fonction QUANTI et une fonction QUALI.
Ensuite tu te fais un autre script qui appelle ces fonctions pour chaque couple de variables Y = EXPLIQUEE  en fonction de  X = EXPLICATIVE.

Tu analyses les résultats...
... et c'est bien le diable si tu ne trouves RIEN (surtout si ton prof est certain des liens) !
Après tu peux pousser plus loin avec des modèles multiples, mais commences déjà par ça.


Fonction QUANTI :  pour une variable explicative X quantitative

HISTOGRAM de X
HISTOGRAM de Y
PLOT  de Y en fonction de X
CORR  de X et Y
LM    de Y en fonction de X
Bonus : QQPLOT de X et Y si tu veux faire les choses bien avant LM...

Fonction QUALI :  pour une variable explicative X qualitative

BAR de X
HISTOGRAM de Y
BAR  de Y en fonction de X
T.TEST pour comparaison de moyennes
Bonus : homogénéité des variances de Y pour chaque modalité de X.

Les représentations graphiques permettent de voir si un lien existe.
Elles permettent aussi de repérer d'éventuelles aberrations.

---
Après tu peux pousser plus loin avec régression multiple logistique...
Mais chaque chose en son temps.



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